En su interior, el Fabia muestra un repertorio típico de Skoda: el mismo funcionamiento que otros modelos del Grupo Volkswagen, pero con peores acabados que los modelos de Audi y Volkswagen (aunque, al igual que SEAT, cada vez se igualan más). Resulta un coche cómodo de conducir por su posición al volante, aún más que la generación saliente, además de tener más elementos tecnológicos con un funcionamiento idéntico al que podría tener un Volkswagen Polo.
El elemento de infoentretenimiento principal es la pantalla táctil disponible (que no de serie) en todos los Skoda Fabia, aunque en el modelo de entrada es de 5 pulgadas y en los niveles de acabado superiores crece hasta las 6,5 pulgadas. Salvo en el modelo de entrada, también recibe de serie el sistema MirrorLink para poder emparejar con el coche cualquier tipo de dispositivo móvil. Todo este conjunto se coloca en el mercado de manera razonable: con un acabado de calidad y precio algo menor que el Polo.
Esta cita del medio británico lo dice todo: el espacio existente en los casi cuatro metros de longitud del Skoda Fabia se ha optimizado en esta tercera generación del modelo, creando un habitáculo que permite más libertad de movimientos y, sobre todo, una mayor comodidad tanto para el conductor como para los pasajeros. La fila trasera de asientos cuenta con un espacio similar al del Ford Fiesta.
El Fabia cuenta además con uno de los mejores maleteros de su segmento con 330 litros cúbicos, superado sólo por el Honda Jazz, el Suzuki Baleno, el nuevo SEAT Ibiza y el Renault Zoe por apenas unos centímetros que no deberían impedir llevar cargas para diversos viajes. Es decir, que supera al Ford Fiesta, al Renault Clio, al Peugeot 208 o al Audi A1, entre otros.